Teenage Mutant Ninja Turtles 3 Mutant Nightmare

Dans l'Épisode 1, les tortues commencent par sauver une personne âgée à New York des Triceratons sadique. Après avoir détruit trois porte-avions déployant l'armée Triceraton, les tortues se faufilent sous terre pour atteindre Central Park et sauver leurs amis Casey et April. Sur place, Leo, Raph, Mikey et Don défendent la zone contre les Triceratons et le Professeur Honeycutt, identifié comme le Fugitoid sauvé de TMNT 2 Battle Nexus, aide les tortues à localiser Casey Jones et April O'Neil, retenus en captivité. En s'introduisant dans la base des Triceratons, Zaranmon, commandant en chef des Triceratons, mobilise un robot dans le but d'arrêter les Tortues et Traximus. La tentative de Zaranmon échoue et Traximus détruit une chaise pour faire changer de clan. Dans l'Épisode 2, les tortues découvrent une nouvelle technologie venant de Baxter Stockman alors que des Mousers infiltrent les égouts, causant une douleur intense aux oreilles de Maître Splinter. Pendant qu'ils protègent leur sensei, les ninja affrontent les Mousers tout en restant proches de lui. Cependant, Maître Splinter finit par être capturé et les tortues utilisent un hovercraft pour poursuivre une camionnette. Elles sont bientôt bloquées par un duo d'ennemis grands et petits pour une embuscade. Après leur passage, les tortues reprennent leur mission de sauvetage de Maître Splinter, affrontant finalement Bishop et devant utiliser des étoiles de lancer pour briser une serrure et le libérer. Dans l'Épisode 3, les Tortues rencontrent tous les membres de la Foot Clan durant leurs missions. Hun, Karai et Oroku Saki, l'identité humaine du Shredder, tombent aux mains des tortues. Lors de la bataille finale contre Saki, celui-ci est amélioré en Mega Shredder. Les ninja l'emportent et sont ensuite convoqués par le conseil Utrom pour un tribunal. Scherel, l'Utrom contrôlant le corps de Shredder, est accusé de crimes de haut vol et exilé sur une planète glacée, tandis que Karai et les autres sont remis aux autorités, fin du jeu. Dans le chapitre Cauchemar, chacun des tortues fait un rêve et affronte divers boss. La plupart des missions de ce chapitre mènent au boss final, Ultimate Drako. Pour utiliser les rouleaux gembu afin d’activer les formes Ultimes des Tortues, le joueur doit collecter rouleaux et autres contenus en mode Combat Libre.