Rockman.EXE Operate Shooting Star

Le jeu possède la même histoire que l'original, la seule différence étant l'ajout de deux événements liés à la série Mega Man Star Force : Dans le prologue, Harp Note est kidnapping par ClockMan.EXE (un NetNavi capable de voyager dans le temps en créant des trous de ver), qui s'échappe vers l'ère de Mega Man Battle Network, 200 ans dans le passé. Dr. Goodall prépare un trou de ver pour permettre à Mega Man Star Force de le suivre, et l'avertit qu'il ne pourra revenir dans son époque que s'il trouve ClockMan. Après le combat contre ElecMan.EXE, ClockMan capture Roll.EXE, et MegaMan.EXE la recherche sur Internet après avoir appris qu’un étrange Navi bleu était dans la région à ce moment-là. Lorsqu’il voit Mega Man Star Force, MegaMan.EXE pense qu’il est celui qui a capturé Roll et l’affronte, mais réalise ensuite qu’il est innocent et ils font équipe pour combattre ClockMan. Après avoir vaincu ClockMan, Mega Man (SF) et Harp Note retournent dans leur époque, et Mega Man (SF) donne à MegaMan.EXE un programme qui lui permet de l’utiliser, ainsi que sa Battle Chip. Une scène supplémentaire a été ajoutée durant le générique, montrant Mega Man Star Force et Harp Note retourner avec succès dans leur ligne temporelle, accueillis par leurs amis, bien que Luna n’ait pas été très contente de voir les deux ensemble.