Puyo Pop Fever

Le mode histoire du jeu est divisé en trois parcours suivant l'aventure d'Amitie, une fille pleine d'énergie qui fréquente une école de magie. Elle apprend avec Accord à lancer des sorts magiques en utilisant Puyo. Dans le récit principal du jeu, Accord a perdu sa Canne Volante, l'équivalent d'une baguette magique, et affirme qu'une récompense est prévue pour l'élève qui la retrouvera. Le joueur incarne Amitie alors qu'elle parcourt le monde de Puyo Puyo Fever pour retrouver la canne, rencontrant de nombreux personnages farfelus en chemin et affrontant certains d'entre eux. Dans une version plus difficile du mode histoire, on joue le rôle de Raffina, la rivale d'Amitie. Le mode histoire choisi détermine quels personnages seront rencontrés et qui finira par trouver la canne. Lorsqu'on joue en tant que Raffina vers la fin du jeu, il est révélé qu'Accord n'a jamais réellement perdu sa canne volante. Elle envisage alors de révéler le secret d'Accord et de Popoi, mais échoue à la fin, étant assommée par Accord et perdant tous ses souvenirs de l'incident avec la canne. Elle reprend conscience près de son école, où Amitie et ses amis la félicitent.