Mystical Ninja Starring Goemon

L'histoire suit les luttes de Goemon pour empêcher la bande des Shoguns de Peach Mountain de transformer le Japon en un théâtre d’arts plastiques occidental. L'intrigue inclut trois numéros musicaux cinématographiques et des combats entre robots géants ; comme dans d’autres jeux Ganbare Goemon, il est parsemé d’humour surréaliste et d’ anachronismes. Le protagoniste de Mystical Ninja est Goemon, un ninja passionné, armé de son kiseru, avec une chevelure bleue et touffue, vaguement basé sur le légendaire voleur Ishikawa Goemon. Le seigneur d’Oedo lui demande de retrouver ceux qui ont mutilé le Château d’Oedo. Goemon vit à Oedo Town et est ami avec Ebisumaru, un homme étrange, glouton et corpulent qui porte un bandana bleu. Ebisumaru est décrit comme paresseux et pervers. Leur ami lancé-pon de kunai, Sasuke, est un ninja mécanique (fabriqué par l’Homme Sage d’Iga) qui aime les bains chauds et le thé japonais. Pour compléter l'équipe, il y a Yae, une kunoichi redoutable et experte en épée, qui tombe sur le groupe de Goemon à Zazen Town. Les méchants du jeu viennent de l’organisation des Shoguns de Peach Mountain et incluent une bande de quatre « weirdoes » dirigés par Spring Breeze Dancin’ (Danshin Harukaze) et Kitty Lily (Margaret Ranko). Ils ont l’intention de transformer le Japon en une scène pour leur talent.