Gojira tai 3 Daikaijuu

Une fois que le joueur a passé l'écran de titre, le jeu commence. Le déplacement de Godzilla se fait en trois dimensions, et l’arme exclusive de Godzilla est son souffle atomique, qui peut être dirigé. Godzilla dispose de quatre vies, qui sont réduites lorsque les ennemis le touchent, qu'ils l'atteignent avec leurs attaques, ou si Godzilla tombe dans un trou. Megalon creusera des trous dans le sol et sortira à la surface pour attaquer Godzilla. Après avoir vaincu Megalon, Kumongas surgira des trous et tirera sur Godzilla avec une de ses deux armes : une ligne de toile ou un projectile qui change de couleur. Après avoir vaincu plusieurs Kumongas, King Ghidorah apparaît, et Godzilla doit protéger Minilla. King Ghidorah tire ses rayons de gravité près de lui, et si Minilla touche King Ghidorah, Godzilla perd une vie. Après avoir vaincu Ghidorah, le jeu recommence. Le mode à 2 joueurs est identique au mode solo, sauf que deux joueurs peuvent alterner entre chaque vie, chacun disposant de ses propres vies et compteurs de score.