Teenage Mutant Ninja Turtles

Le gameplay principal adapte librement les épisodes de la première saison suivants : « Things Change », « A Better Mouse Trap », « Attack of the Mousers », « Meet Casey Jones », « Nano », « Darkness on the Edge of Town », « The Way of Invisibility », « Notes From the Underground » (Parties 1 à 3), et « Return to New York » (Parties 1 à 3), ainsi qu’un niveau qui n’est pas du tout tiré de la série animée. Peu après qu’un groupe de robots Mouser ait détruit l’ancienne maison des tortues, celles-ci commencent à chercher un nouveau refuge. Michelangelo finit par agacer Raphael, qui décide de partir à la surface. Sur place, il est confronté à des brutes Purple Dragon, Casey Jones, et Dragonface. Baxter Stockman utilise alors des ninjas technologiques invisibles pour capturer Raphael, et Donatello doit le secourir. Par la suite, tandis que Raphael et Michelangelo s’amusent à se battre, Donatello analyse un étrange cristal qu’il a trouvé dans leur repaire, notant qu’il ressemble à des cellules cérébrales mutées. Raphael donne un coup de pied à Michelangelo contre un mur, révélant un grand tunnel derrière. Le cristal de Donatello commence à briller et les tortues décident d’enquêter. Elles suivent le tunnel et se retrouvent face à des humains génétiquement modifiés. Après quelques échauffourées avec ces mutants, les tortues découvrent que ces mutants ont été transformés dans le passé par des expériences des scientifiques de Shredder. Les cristaux trouvés par Donatello sont la seule source d’énergie permettant de leur maintenir la vie, et ils ne peuvent pas quitter leur habitat souterrain à cause de cela. Ils demandent aux tortues de vaincre Shredder pour empêcher que d’autres humains souffrent comme eux. Les tortues décident de battre Shredder une bonne fois pour toutes, et promettent aux mutants de revenir pour eux s’ils trouvent un moyen d’inverser leur état.