SpongeBob's Atlantis SquarePantis

Le jeu commence avec SpongeBob et ses amis qui s’échappent d’Atlantis. Pendant ce temps, Plankton fait rage dans Atlantis avec un tank qu’il a "emprunté" jusqu’à ce qu’il croise la route du groupe. SpongeBob et Patrick commencent à se souvenir comment ils en sont arrivés là. Ils ont une crise de mémoire qui débute lorsqu’ils soufflent des bulles jusqu’à être piégés dans une grosse bulle qui les transporte dans une grotte. Le duo traverse la grotte en évitant les pirates fantômes tout en cherchant des échelles pour explorer plus en profondeur les cavernes, où ils trouvent la moitié manquante de l’Amulette Atlantéenne (Patrick pense que cela est lié aux ancêtres de SpongeBob à cause du mot "antis" dessus). Ils l’emportent au Musée de Bikini Bottom pour découvrir ce que c’est, prenant des photos des expositions et repoussant touristes et gardes de sécurité qui bloquent le passage. Squidward est choqué de voir qu’ils ont trouvé l’autre moitié de l’amulette. Sandy et Mr. Krabs se joignent au groupe lors de leur visite au musée. Squidward assemble les deux moitiés, révélant le chemin vers Atlantis : un bus volant. Le bus fonctionne à la musique, et le groupe commence à chanter pour atteindre Atlantis. Le bus s’écrase en cours de route à cause d’une erreur de Patrick, forçant la bande à conduire le bus autour d’Atlantis pour retrouver les pièces du bus et les outils nécessaires à sa réparation. Après avoir réparé le bus et atteint Atlantis, le groupe est accueilli par le Lord Royal Highness (ou LRH). LRH leur offre une visite du palais atlantéen, où ils doivent éviter des pièges installés autour d’Atlantis pour une raison inconnue. Mr. Krabs commence à collecter des trésors pour en emporter quelques-uns, avec l’aide de Sandy et de son fusil à catching bubbles. Squidward pose pour les artistes dans le studio d’art. À leur insu, Plankton s’est caché dans le compartiment du bus Atlantéen en chemin. Il planifie d’utiliser les armes atlantéennes, les plus avancées de tous les temps, pour détruire SpongeBob et ses amis, et conquérir le monde. Après être sorti du bus, il se faufile dans Atlantis et se dirige vers la salle des armes. En prenant en photo les attractions (et en repoussant les touristes et les guards atlantéens qui bloquent leur route), Patrick détruit accidentellement la plus vieille bulle vivante et révèle la vérité à LRH, qui leur montre la vraie bulle. Squidward leur rappelle que la bulle que Patrick a détruite était un accessoire pour les touristes. Patrick la fait exploser encore une fois, ce qui met LRH en colère. Le groupe prend la fuite, devant éviter les forces atlantéennes tout en cherchant des trombones pour débloquer les portes. Plus tard, Sandy utilise Squidward comme arme pour neutraliser les soldats. Plankton fait rage dans la ville avec son tank, comme au début, et affronte la bande, mettant fin au flashback. Il tire avec son arme, mais est surpris de voir qu’elle expulse de la crème glacée. LRH capture Plankton, croyant qu’il est une petite bille parlante, et le présente comme un remplaçant de la bulle détruite récemment, ainsi que comme le trésor national d’Atlantis. Il ordonne alors à l’un de ses soldats de se débarrasser de l’amulette pour que ces fauteurs de troubles ne puissent pas revenir. Le soldat traverse Atlantis jusqu’à la poubelle et jette l’amulette dedans. Le groupe rentre alors à Bikini Bottom à bord du bus.