Teenage Mutant Ninja Turtles Mutants in Manhattan

In der Nacht treffen Krang und Shredder sich auf dem Helipad des TCRI-Gebäudes, um zu bestätigen, dass alles bereit ist für ihre Allianz zu einem unbestimmten Ziel. Auf eine Geste Shredders hin steigen hunderte Foot Clan-Soldaten auf den Wolkenkratzer herab, was eine titanenhafte Welle der Kriminalität auslöst, die die Stadt ins Chaos stürzt. In ihrer Höhle tief unter den Straßen diskutieren die Turtles mit Splinter und April O'Neil über die Kriminalwelle und kommen zu dem Schluss, dass sie ehrenhaft verpflichtet sind, die Stadt zu schützen, und machen sich auf den Weg dorthin, obwohl Michelangelo mitten in einer Pizza steckt, die er ebenfalls 'ehrenhaft' zu beenden glaubt. Während sie die Dächer patrouillieren, bemerken die Turtles Foot Soldiers, die sich im Revier der Purple Dragons verstecken, und ziehen los, um die Anomalie zu untersuchen und die rivalisierenden Ninjas auszuräumen. Indem sie die Verbrechen der Foot in der Gegend verhindern, sammeln sie genug Hinweise, damit April erkennen kann, dass Bebop die örtliche Bank ausraubt. Sie stellen den Mutanten in der Vault mit verheerenden Ninja-Manövern und noch schlechteren Schweinebank-Witzen zur Rechenschaft. Nach seiner Niederlage zertrümmert Bebop eine Wand und entkommt, hinterlässt dabei seinen Duffelbag voller gestohlener Beute. Leonardo, Raphael und Donatello fragen sich, warum Bebop sich die Mühe machen würde, den Ort auszurauben, nur um seine Beute zurückzulassen. Mikey versucht derweil, eine Angriffsreihe von gestohlenen Scheinen zu nutzen, ruft einen Lieferdienst für ein paar Tausend Pizzas und Breadsticks an… eine Bestellung, die er aber stornieren muss, weil die anderen Turtles eindeutig nicht amused sind. Bei der Untersuchung gestörter U-Bahn-Aktivität entdecken die Turtles, dass großen Schaden an den System-Schaltkästen angerichtet wurde, was gesamte Linien lahmlegt und zukünftige Kollisionen gefährdet. Die Trümmer deuten auf möglicherweise mutantenstarke Kräfte hin, nicht nur auf einfache Ninja-Waffen. Sie finden eine nahegelegene Station, die bereits stillgelegt und mit Foot Ninjas sowie Rock Soldiers aus Dimension X infiziert ist. Nach Abschluss enough Missionen erhalten sie die nötigen Hinweise, um eine Laser-Gitteranlage abzuschalten und in eine aktive Linie vorzustoßen, wo sie Wellen von Mousers sowie größere Rock Soldiers bekämpfen müssen, um eine Reihe von Bomben und eine finale Laser-Schranke zu deaktivieren, bevor sie zu einer Konfrontation mit Rocksteady in einer verlassenen Station vordringen. Obwohl sie besiegt werden, verspricht der Rhino den Turtles, dass das Chaos bisher 'nur der Anfang' sei, und nutzt einen herannahenden U-Bahn-Zug, um in den Schatten zu verschwinden.