Teenage Mutant Ninja Turtles: Turtles in Time

Die einleitende Zwischensequenz des Spiels erzählt die Handlung. Sie beginnt mit den Turtles, die an einem Sonntagabend eine Nachrichtensendung im Fernsehen sehen, bei der April O’Neil von Liberty Island berichtet. Plötzlich fliegt Krang in einem riesigen Exosuit (gelegentlich in der Animationsserie zu sehen) ein und stiehlt die Freiheitsstatue, nur um kurz darauf Shredder zu sehen, der die Luftwellen übernimmt, um über die Turtles zu lachen. Die Turtles springen in Aktion im Zentrum von New York und verfolgen die Foot in die Straßen und die Stadttunnel (später in der SNES-Version zum Technodrome), wo Shredder sie durch eine Zeitverschiebung schickt. Die Turtles müssen sowohl gegen Shredders Armee in Vergangenheit als auch Zukunft kämpfen, um nach Hause zu gelangen. Sie stellen sich Shredder, bis dieser zu Fall kommt und die Freiheitsstatue an ihren Platz zurückkehrt.