Sonic & Knuckles [Not for Resale]

Nachdem Sonic Dr. Robotnik am Ende von Sonic the Hedgehog 2 besiegt hat, landet seine Raumstation, die Death Egg, auf einer mystischen, schwebenden Landmasse namens Angel Island (oder einfach "das Fliegende Insel" im Spielhandbuch). Während Dr. Robotnik die beschädigte Station repariert, trifft er auf Knuckles die Echse, das letzte Überlebende einer alten Zivilisation von Echsen, die einst die Insel bewohnte. Er ist auch der Wächter des Master Emerald, der der Insel ihre Schwebekräfte verleiht. Da er weiß, dass Sonic und Tails versuchen werden, ihn aufzuspüren, und erkennt, dass er den Master Emerald nutzen kann, um das Schiff anzutreiben, täuscht Dr. Robotnik Knuckles, damit dieser glaubt, Sonic wolle seinen Emerald stehlen. Kurz darauf sind Sonic und Tails mit ihrem Doppeldecker, dem Tornado, auf der Suche nach Dr. Robotnik. Sonic, im Besitz der Emeralds aus den Ereignissen von Sonic 2, verwandelt sich in Super Sonic. Als sie ankommen, überfällt Knuckles Sonic aus dem Untergrund und stößt ihm die Chaos Emeralds aus den Händen, wodurch Sonic wieder normal wird. Knuckles stiehlt die Emeralds und verschwindet ins Landesinnere. Während Sonic und Tails durch die Levels reisen, begegnen sie Knuckles in fast jedem Level, der ihren Fortschritt behindert. Im letzten Level, der Launch Base Zone, startet die Death Egg zum zweiten Mal, stößt Knuckles von einem Pfahl ab und lässt ihn ins Wasser stürzen. Sonic geht auf eine Plattform auf der Death Egg, kämpft und besiegt Robotnik zum letzten Mal. Die Death Egg ist nach Robotniks Niederlage beschädigt und fällt, woraufhin sie wieder auf Angel Island stürzt — was in den zweiten Teil der Geschichte in Sonic & Knuckles mündet.