Metal Slug X

General Donald Morden, der Antagonist des ersten Spiels, ist wieder zurück mit seiner Armee und hat es auf die Weltherrschaft abgesehen. Es liegt an den Peregrine Falcon-Soldaten, die nun durch zwei neue Charaktere ergänzt werden: Eri Kasamoto und Fiolina Germi von der Sparrows Intelligence Unit, um den Tag zu retten. Im Verlauf der Level stellt sich heraus, dass Morden sich mit Marsianern verbündet hat, um seine Pläne zu erleichtern. Schließlich wendet sich das Blatt, als Morden angegriffen wird und von seinen marsianischen Verbündeten verraten wird. Eine provisorische Allianz zwischen dem Peregrine Falcon-Team und General Morden wird geschmiedet, um die größere außerirdische Bedrohung zu bekämpfen.