Xenosaga Episode I

Shion führt auf der Woglinde letzte Tests an KOS-MOS durch, als die Crew einen Zohar-Emulator entdeckt, eines von dreizehn Repliken des Zohar. Cherenkov überwacht den Fortschritt von Shion, ist jedoch auch ein U-TIC-Spion, der das Ziel verfolgt, das Original des Zohar zu finden. Nach der Bergung des Zohar-Emulators wird die Woglinde von Gnosis angegriffen. KOS-MOS aktiviert sich eigenständig und schützt Shions Team, wobei sie im Kampf Virgil versehentlich tötet, um Shion und Allen zu retten. KOS-MOS bringt das Team und Cherenkov an Bord der Elsa, die auf dem Weg zu ihrem Ziel, Second Miltia, ist. Als die Gnosis angreifen, rettet Cherenkovs Leben die Fähigkeit von Chaos, sie zu vertreiben. Der Angriff beginnt, Cherenkov zu mutieren, der von Visionen seiner Vergangenheit als Soldat geplagt wird, der den Übergang ins Zivilleben nicht schaffte und viele Menschen, einschließlich seiner Frau, tötete. Während dieser Phasen macht sich Shion Sorgen um das Verhalten von KOS-MOS, und Allen befürchtet um Shions emotionalen Zustand. Parallel dazu wird der Cyborg Ziggy entsandt, um die Realian MOMO aus U-TIC zu befreien, da die in ihr gespeicherten Daten den Weg zum ursprünglichen Planeten Miltia öffnen könnten, der bei einer Katastrophe verloren ging und für die ihr Schöpfer Joachim Mizrahi verantwortlich gemacht wird. Ziggy rettet MOMO und entkommt knapp, während er Angriffe von Margulis abwehrt. Albedo, der mit U-TIC an eigenen Zielen arbeitet, setzt die Verfolgung von MOMO fort.