Teenage Mutant Ninja Turtles

Das Hauptspiel orientiert sich lose an den Episoden der ersten Staffel: "Things Change", "A Better Mouse Trap", "Attack of the Mouser", "Meet Casey Jones", "Nano", "Darkness on the Edge of Town", "The Way of Invisibility", "Notes From the Underground" (Teile 1-3) und "Return to New York" (Teile 1-3), sowie an einer Ebene, die überhaupt nicht aus der animierten Serie stammt. Kurz nachdem eine Gruppe von Mouser-Robotern das alte Zuhause der Schildkröten zerstört hat, beginnen sie, nach einem neuen Heim zu suchen. Michelangelo geht Raphael schließlich auf die Nerven, was dazu führt, dass Raphael an die Oberfläche geht. Oben angekommen, wird er von Purple Dragon-Schlägern, Casey Jones und Dragonface konfrontiert. Baxter Stockman nutzt bald invisible foot-Technoninjas, um Raphael zu fangen, und Donatello ist gezwungen, ihn zu befreien. Danach, während Raphael und Michelangelo zum Spaß raufen, analysiert Donatello einen seltsamen Kristall, den er in ihrem Zuhause gefunden hat, und merkt an, dass er wie mutationierte Gehirnzellen aussieht. Raphael rempelt Michelangelo gegen eine Wand, hinter der sich ein großer Tunnel offenbart. Donatellos Kristall beginnt zu leuchten, und die Schildkröten beschließen, den Tunnel zu untersuchen. Sie folgen dem Tunnel und werden von genetisch mutierten Menschen konfrontiert. Nach einigen Kämpfen mit diesen Mutanten stellen die Schildkröten fest, dass diese Mutanten durch frühere Experimente von Shredders Wissenschaftlern in ihren jetzigen Zustand versetzt wurden. Die Kristalle, die Donatello gefunden hat, sind die einzigen Mittel, diese Mutanten am Leben zu erhalten, und sie können ihr unterirdisches Zuhause nicht verlassen. Die Mutanten bitten die Schildkröten, Shredder zu besiegen, damit kein Mensch mehr leidet wie sie. Die Schildkröten beschließen, Shredder endgültig zu besiegen, und versprechen den Mutanten, zu ihnen zurückzukehren, falls sie einen Weg finden sollten, ihren Zustand umzukehren.