Puyo Puyo Tetris 2

Der Story-Modus spielt sich auf einer Overworld-Karte ab, auf der du dich von Ort zu Ort bewegst. Es gibt mehrere Welten, wobei Welten Teil mehrerer Kapitel sein können. Die Reise führt durch Suzuran, die S.S. Tetra, Primp Town, die Constellation Zone, den Rand zweier Welten und Grimp. Neben den Hauptmissionen gibt es in den meisten Kapiteln eine Nebenstory, die nach Abschluss aller Hauptmissionen in jenem Kapitel zugänglich ist, sowie optionale Missionen, die erscheinen, wenn sie auf der Weltkarte erreichbar werden.