X-Men

A causa dell'aumento delle attività anti-mutante a Genosha, il Professor Xavier utilizza Cerebro per esaminare la nazione-isola e scopre la presenza di Apocalypse. Il governo di Genosha sembra usare Apocalypse per tenere sotto controllo la loro popolazione di mutanti. Tuttavia, Xavier sospetta che Apocalypse abbia piani propri e invia cinque X-Men, Cyclops, Wolverine, Psylocke, Beast e Gambit, per indagare. X-Men: Mutant Apocalypse combina il gameplay di un beat 'em up a scorrimento laterale come Final Fight con elementi di un platform, cioè i giocatori devono combattere vari nemici e sopravvivere ai puzzle di salto occasionali. La maggior parte dei livelli presenta anche mid- e end-boss sotto forma di robot, mostri o noti Super-Villain. Ogni personaggio ha abilità uniche e mosse speciali: Cyclops usa il suo Optic Blast per attaccare da lontano, Wolverine può arrampicarsi sui muri, Psylocke è molto agile e la migliore saltatrice del team, Beast può aggrapparsi al soffitto mentre Gambit lancia carte esplosive contro i nemici. Le mosse speciali sono piuttosto simili a quelle di Street Fighter II (Wolverine ha un attacco stile Dragon-Punch e il Double Kick di Gambit è praticamente identico allo Scissors Kick di M. Bison), e richiedono combinazioni di pulsanti simili. Mentre la maggior parte dei livelli è unica per ogni personaggio, alcuni possono essere giocati con qualsiasi membro degli X-Men. Il progresso viene salvato tramite password.