Anche dopo la morte di Omega nell'ultimo gioco, il dottor Weil è ancora il leader indiscusso di Neo Arcadia. Con il suo governo di ferro, sia gli umani sia i Reploidi sono ora oppressi. Il gioco inizia con una Carovana uhumana in fuga da ciò che una volta era la loro casa, inseguita da una nuova tipologia di soldati nemici, i Variant. Zero e la Resistenza si uniscono all'inseguimento, respingendo i Variant e salvando gli umani. Ciel e Zero incontrano il leader della Carovana, Neige, che racconta loro la situazione attuale in Neo Arcadia, e che ora guida il loro gruppo verso Area Zero, dove è stato istituito un insediamento umano. Il convoglio della Resistenza segue la Carovana in Area Zero. Esplorando l'habitat, Zero incontra presto i Einherjar Eight Warriors e il loro leader, Craft. Attraverso di loro, Zero viene a conoscere l'Operazione Ragnarok, un'operazione militare in cui Weil intende obliterare tutti i luoghi abitabili come Area Zero affinché gli umani smettano di fuggire da Neo Arcadia. Gli Einherjar e Craft sono coloro che eseguiranno questo piano, ritenendo gli umani stolti nel pensare persino di fuggire dalla dittatura di Weil.