Tenchu Return from Darkness

Nachdem Lord Mei-Oh in Tenchu: Stealth Assassins besiegt wurde, blieb Rikimaru in Lord Mei-Ohs Burg zurück, getragen von einem riesigen Felsblock, um Ayame und Prinzessin Kiku den Fluchtweg zu ermöglichen. Er scheint gefangen und für tot gehalten zu sein. Ayame steckt Rikimarus Schwert, "Izayoi" (er ist in der Eröffnungs-GC von Wrath of Heaven beim Ziehen dieses Schwerts zu sehen), als Denkmal für ihren gefallenen Ninja-Kameraden in den Schnee. Ein Jahr später berichtet Rikimaru Lord Gohda, dass er dieses Beinahe-Tod-Erlebnis überlebt hat; unbekannt für sie ist, dass der wahre Rikimaru im 20. Jahrhundert gefangen ist und versucht, einen Weg zurück in ihre Zeit zu finden. Die Handlung des Spiels verläuft je nach gewähltem Charakter unterschiedlich, doch sie verbindet sich an bestimmten Punkten. Die Geschichte dreht sich hauptsächlich um Rikimarus Rückkehr und den Kampf um die Drei Juwelen, die angeblich Macht verleihen den Besitzern. Diese sind die Juwelen des Himmels, der Erde und der Tugend. Tenrai, ein böser Zauberer, der sie in die Finger bekommen will, befiehlt einer Truppe seiner Männer, die Juwelen von den Besitzern zu stehlen. Doch bei seiner Begegnung mit Rikimaru zeigt er Interesse an seiner Kraft und versucht, ihn zur Mitarbeit zu überreden. Rikimaru lehnt ab, und er sowie Ayame stellen sich jedem von ihnen. Eines der Männer im Arsenal von Tenrai ist Onikage, der ihm nur dient, um seinen Plan voranzutreiben, Mei-Oh (seinen früheren Meister) und Tatsumaru (den ehemaligen Anführer des Azuma Ninja Clans, den Tenrai wiedererweckt hat) wiederzubeleben. Rikimaru und Ayame folgen Tenrai in seine Festung, um zu verhindern, dass er die Welt mit der Macht aus zwei der Juwelen zerstört. Wenn er besiegt werden kann, wird Frieden in Gohdas Land wiederhergestellt.