Teenage Mutant Ninja Turtles 2 Battle Nexus

Das Spiel beginnt mit einem Kampf gegen den Foot Clan und Hun in Oroku Sakis Wolkenkratzer. Der Foot wird besiegt, und Meister Splinter verschwindet auf mysteriöse Weise. Die Schildkröten folgen der Spur zu einem Gebäude mit der Aufschrift „T.C.R.I.“, das unter seiner harmlosen Fassade ein bizarre Geheimnis verbirgt: seine Mitarbeiter sind Mitglieder einer Gehirn-artigen außerirdischen Rasse, den Utroms. Während sie gegen diese seltsamen neuen Feinde kämpfen, werden die Turtles versehentlich an verschiedenen Punkten der Galaxie teleportiert, treffen den Fugitoid Professor Honeycutt auf D'Hoonib und geraten in den Krieg zwischen den Triceratons und der Federation – beide Seiten sind nach dem Fugitoid wegen seiner Technologie. Unterwegs stoßen sie auf einen intergalaktischen Kopfgeldjäger namens Slashuur. Dieser gilt als der mächtigste Kopfgeldjäger des Universums, und Honeycutt hörte als Kind Legenden über ihn. Ironischerweise ist Honeycutt das Ziel von Slashuur, der von den Triceratons beauftragt wurde, ihn zu fangen. Nachdem es den Turtles gelingt, ihn zu besiegen, enthüllt Slashuur, dass er Kenntnisse über Hamato Yoshi hat, bevor er sich verabschiedet. Bevor sie den Heimatplaneten der Triceratons verlassen, befreunden und befreien die Turtles einen edlen Krieger der Triceratons namens Traximus, der als Gladiator gezwungen war zu kämpfen. Zurück auf der Erde in das T.C.R.I.-Gebäude wird enthüllt, dass die Utroms einen verletzten Splinter gerettet und gepflegt haben. Die Utroms setzen die TMNT und Splinter in eine Virtual-Reality-Maschine, um ihnen ihre Ursprünge besser zu erklären. Vor Hunderten von Jahren reisten die Utroms durch die Galaxie und transportierten einen mörderischen Ausreißer ihrer Spezies, Ch'rell. Ihr Schiff stürzt in Japan auf der Erde ab. Ch'rell entkommt, während die Utroms gezwungen sind abzuwarten, bis die Technologie der Erde mit ihrer eigenen Schritt hält, damit sie nach Hause zurückkehren können. Einige Zeit später, nachdem die Utroms die Hilfe einiger Menschen als Guardian Ninja angeworben haben, werden sie von einem schwer gepanzerten Kriegsherren namens The Shredder überfallen. In der Zwischenzeit sabotiert Baxter Stockman die Virtual-Reality-Maschine, und die Gefahren darin werden den Turtles und Splinter als real präsentiert. Nach dem Sieg über Shredder und seine feudalen Foot Ninja treffen die Turtles den Utrom Mortu, der ihnen ein Gerät gibt, das ihnen die Rückkehr in die reale Welt ermöglicht. Leider finden sie bei ihrer Ankunft Shredder und den Foot, die das T.C.R.I.-Gebäude angreifen. Während ihres Kampfes wird eine organische Zerstörungswaffe platziert, und die Utroms entkommen durch ihr Transmat. Die Turtles besiegen Shredder, bevor er sie verfolgen kann, und es stellt sich heraus, dass dieser Shredder nicht nur der gleiche ist wie jener, den sie im feudalen Japan gesehen haben, sondern auch der böse Utrom Ch'rell! Die Turtles fliehen aus dem Gebäude, bevor die Waffe explodiert, aber Ch'rell hat kein Glück.