Puyo Pop Fever

Der Geschichtenmodus des Spiels ist in drei Kurse unterteilt, die die Abenteuer von Amitie verfolgen, einem mutigen Mädchen, das eine Magieschule besucht. Dort wird sie von Accord darin unterrichtet, magische Zauber mit Puyo zu wirken. Im Hauptstory des Spiels hat Accord ihren Flying Cane, den Äquivalent zu einem Zauberstab, verloren und behauptet, einen Preis für den Schüler zu haben, der ihn finden kann. Der Spieler übernimmt die Rolle von Amitie, während sie durch die Puyo Puyo Fever-Welt reist, um den Zauberstab zu finden, und dabei allerlei verrückte Charaktere trifft und gegen sie kämpft. In einer schwierigeren Version des Story-Modus spielt man als Rafina, Rivale von Amitie. Welche Geschichte man spielt, bestimmt, welche Charaktere man trifft und wer letztendlich den Zauberstab findet. Wenn man als Rafina gegen Ende des Spiels spielt, wird enthüllt, dass Accord ihren Flying Cane nie wirklich verloren hat. Sie plant daraufhin, Accord und Popois Geheimnis zu enthüllen, scheitert jedoch in ihrem Abschluss, da sie von Accord KO geschlagen wird und all ihre Erinnerungen an den Vorfall mit dem Zauberstab verliert. Sie wacht in der Nähe ihrer Schule auf, wo Amitie und ihre Freunde ihr gratulieren.