Yu-Gi-Oh! 5D's Wheelie Breakers

Der Storymodus führt den Spieler, geleitet von Rally, durch zahlreiche Duelle gegen andere Duellanten, die bis zum Fortune Cup und einem Duell mit Yusei führen. Duelle mit Turbo-Duellanten wie Trudge, Greiger und Hunter Pace finden in der realen Welt statt, während jene, die keine Duel Runners verwenden, wie Luna, Leo und Akiza, virtuelle Simulatoren benutzen. Zwischen den Levels wird gezeigt, dass Goodwin und Lazar intrigieren, um dich für eine spezielle Mission zu benutzen.