Teenage Mutant Ninja Turtles: Smash-Up

Die Handlung dreht sich um Splinter, der ein Turnier für seine Söhne, Casey Jones und April O'Neil, veranstaltet; auch Splinter selbst entscheidet sich, am Turnier teilzunehmen. Nachdem der Gewinner gekürt wurde, wird ihm gesagt, er solle eine Trophäe und etwas aus Splinters persönlichem Schrank auswählen. Plötzlich ruft Professor Honeycutt sie auf der Notschleife an und informiert die Turtles, dass er vom Shredder entführt wurde. Shredder unterbricht die Kommunikation und deutet an, dass die Leitung nicht sicher ist, und verspottet die Turtles mit den Worten, dass sie Fugitoid nicht retten werden. Während sie draußen nachdenken, erscheint Karai und sagt, dass der Shredder Fugitoid gefangen hat, um ihn dazu zu zwingen, ein Transmat zu bauen, das seine Armeen auf der ganzen Welt teleportieren kann. Nach dem Besiegen des Shredder enthüllt Karai, dass sie die Turtles benutzt hat, um den Shredder loszuwerden, damit sie die Foot Clan von ihrem Vater übernehmen kann. Shredder steht wieder auf, und Leonardo kickt ihn in Karai. Honeycutt schaltet den Transmat-Schalter um, auf dem Shredder und Karai gelandet sind, und teleportiert sie an unbekannte Orte. Zurück in der Kanalisation übergibt Splinter die Preise an den Sieger des Turniers. Das Spiel enthält ein Comicbuch, das die Handlung weiterführt, bis vor der Niederlage des Shredder. Szenen, die nicht im Spiel sind, umfassen Donatello, der Renets Zeitschneider so manipuliert, dass sie zu Shredders Tōkyō-Basis transportieren, aber dieser funktioniert nicht richtig und sie reisen durch die Zeit, was eine Erklärung für die bizarren Levels wie den Wilden Westen und das Japanische Schloss liefert. Bei ihrer ersten Teleportation mit dem Zeitschneider taucht ein riesiger Alligator durch eine Kanalisationwand auf, der versehentlich in den Amazonas-Regenwald transportiert wird, was erklärt, warum die Alligator-Gefahr in den Levels Kanalisation und Amazonas vorkommt. Im Japanischen Schloss begegnen die Turtles einer Armee von Samurai, die sich als den japanischen Dämon Oni herausstellen. Die Geschichte endet, nachdem Fugitoid gerettet wurde, und der Shredder taucht in einer finalen Schlacht auf.