Mega Man X3

Zero, der als unregelmäßiger Jäger zurückgekehrt war, wurde Kommandant der Zero Special Forces und setzte seine Einsätze zusammen mit X fort, der als Kommandant der 17. Elite-Einheit aktiv war, sowie anderen Jägern der Einheit. Gleichzeitig führte Dr. Doppler, ein Wissenschaftler-Reploid, Recherchen durch, die zeigten, dass der Computervirus "Sigma Virus" die Ursache für die Unregelmäßigkeiten war. Er entwickelte ein spezielles Antikörper-Virus und schlug vor, es in Reploids zu injizieren. Dadurch ging die Anzahl der Unregelmäßigkeiten deutlich zurück. Außerdem kündigte Dr. Doppler an, "Doppeltown" zu bauen, eine friedliche Stadt, in der Menschen und Replikanten koexistieren können, und gewann die Unterstützung sowohl der Menschen als auch der Replikanten. Einige Monate später rebellierten Doppler und seine Reploids, die dem oben genannten Antikörper-Virus ausgesetzt waren. Die Unregelmäßigen Jäger identifizierten Doppler und die Rebellen als Unregelmäßige, woraufhin X und Zero beauftragt wurden, einzugreifen.