Puyo Pop Fever

Der Story-Modus des Spiels ist in drei Kapitel unterteilt, die die Abenteuer von Amitie verfolgen, einem lebhaften Mädchen, das eine Magieschule besucht. Dort lernt sie von Accord, magische Zauber mit Puyo zu wirken. Im Hauptteil der Geschichte hat Accord ihren Flugstock verloren, das Äquivalent zu einem Zauberstab, und behauptet, eine Belohnung für den Schüler zu haben, der ihn findet. Der Spieler schlüpft in die Rolle von Amitie, während sie sich durch die Welt von Puyo Puyo Fever aufmacht, um den Stock zu finden – unterwegs begegnet sie vielen skurrilen Charakteren und kämpft gegen sie. In einer schwereren Version des Story-Modus spielt man als Amities Rivale, Raffina. Welche Geschichte man erlebt, bestimmt, welche Charaktere man trifft und wer letztlich den Stock findet. Wenn man als Raffina kurz vor Ende des Spiels spielt, wird enthüllt, dass Accord ihren Flugstock nie wirklich verloren hat. Sie plant, das Geheimnis von Accord und Popoi zu lüften, scheitert jedoch in ihrem Ende, da sie von Accord bewusstlos geschlagen wird und alle Erinnerungen an den Vorfall mit dem Flugstock verliert. Sie erwacht in der Nähe ihrer Schule, wo Amitie und ihre Freunde ihr gratulieren.