Blacksite Area 51

Das Spiel beginnt damit, dass Captain Aeran Pierce und sein Delta Force Echo Squad zu einer angeblichen Waffenbunker-Inspektion im Irak entsandt werden. Sie werden begleitet von der Leiterin eines Elite-Wissenschaftsteams, Dr. Noa Weis. Der Bunker ist von mutierten Menschen und Wildtieren (beide zusammenfassend als Xenos bezeichnet) befallen, die durch einen außerirdischen Kristall im Bunker geschaffen wurden. Dieser Kristall lähmt Pierce und zwingt das Team zur Rückzugs. Drei Jahre später hat eine schwer bewaffnete Miliz die Kontrolle über Area 51 und die umliegende Region übernommen, begleitet von einem Ausbruch außerirdischer Kreaturen, die denen ähneln, die im Irak getroffen wurden. Echo Squad und Dr. Weis wurden ausgewählt, die Basis zurückzuerobern.