Xenosaga Episode II

Die Geschichte spielt Tausende von Jahren in der Zukunft, als die Menschheit längst die Erde verlassen hat, die jetzt Lost Jerusalem genannt wird, und ein Sternenreich gegründet hat. Die Hauptbedrohung, der die Menschheit gegenübersteht, ist das Erscheinen einer super-starken außerirdischen Rasse namens Gnosis. Die Handlung setzt unmittelbar nach den abschließenden Ereignissen des ersten Teils ein. Shion Uzuki, die junge Ingenieurin, die den mächtigen Androiden KOS-MOS entworfen hat, trifft mit ihren Freunden auf den Planeten Second Miltia ein. Sie wollen mehr über das Erbe des verstorbenen Genie-Wissenschaftlers Joachim Mizrahi erfahren und die Pläne der mysteriösen Antagonisten Albedo und Margulis vereiteln. Jin Uzuki, Shions Bruder, der im ersten Kapitel nur erwähnt wurde, wird zu einem bedeutenden spielbaren Charakter im zweiten Teil. Ein großer Teil der Handlung ist der Erforschung der Vergangenheit und der Herkunft von Jr. gewidmet, ebenso wie seiner Verbindung zu Albedo.