Xenosaga

Shion führt letzte Tests an KOS-MOS auf der Woglinde durch, als die Besatzung einen Zohar Emulator findet, eines von dreizehn Repliken des Zohar. Cherenkov überwacht den Fortschritt von Shion, ist aber auch ein Spion von U-TIC, der das Ziel verfolgt, den originalen Zohar zu finden. Nach der Bergung des Zohar Emulators wird die Woglinde von Gnosis angegriffen. KOS-MOS aktiviert sich selbstständig und schützt Shion und ihr Team, wobei sie Virgil versehentlich tötet, um Shion und Allen zu retten. KOS-MOS bringt sie und Cherenkov an Bord der Elsa, die zu ihrem Zielort, Second Miltia, unterwegs ist. Als ein Gnosis angreift, rettet Cherenkov die Fähigkeit von Chaos, die Kreaturen zu vertreiben, sein Leben. Der Angriff beginnt, Cherenkov zu mutieren, und quält ihn mit Visionen seiner Vergangenheit als Soldat, der sich nach seinem Dienst nicht an das zivile Leben anpassen konnte und viele Menschen, darunter seine Frau, tötete. In diesen Momenten macht sich Shion Sorgen um das Verhalten von KOS-MOS, während Allen sich um Shions emotionalen Zustand sorgt. Parallel dazu wird der Cyborg Ziggy entsendet, um die Realian MOMO von U-TIC zu retten, da die in ihr gespeicherten Daten den Weg zum ursprünglichen Planeten Miltia öffnen könnten, der in einer Katastrophe verlorenging, für deren Verantwortung ihr Schöpfer Joachim Mizrahi verantwortlich gemacht wird. Ziggy rettet MOMO und entkommt nur knapp, während er Angriffe von Margulis abwehrt. Albedo, der für U-TIC aus eigenem Interesse arbeitet, setzt alles daran, MOMO zu verfolgen.