Tenchu: Wrath of Heaven

Nachdem Lord Mei-Oh in Tenchu: Stealth Assassins besiegt wurde, blieb Rikimaru in Lords Mei-Ohs Festung zurück, trug einen riesigen Felsblock, um einen Fluchtweg für Ayame und Prinzessin Kiku zu schaffen. Er scheint gefangen und für tot gehalten zu werden. Ayame steckt Rikimarus Schwert, "Izayoi" (dieses Schwert ist im Eröffnungs-CG von Wrath of Heaven zu sehen), in den Schnee als Denkmal für ihren Kameraden, der now für tot gilt. Ein Jahr später berichtet Rikimaru Lord Gohda, dass er dieses Beinahe-Tod-Erlebnis überlebt hat; unbekannt für die anderen ist der echte Rikimaru im 20. Jahrhundert gefangen, auf der Suche nach einem Weg zurück in ihre Zeit. Die Handlung des Spiels verläuft je nach gewähltem Charakter unterschiedlich, verbindet sich jedoch an bestimmten Punkten. Die Geschichte dreht sich hauptsächlich um Rikimarus Rückkehr und den Kampf um die Drei Juwelen, die angeblich Macht verleihen an diejenigen, die sie besitzen. Diese sind die Juwelen des Himmels, der Erde und der Tugend. Tenrai, ein böser Zauberer, der die Juwelen in seine Hände bekommen will, befiehlt einer Gruppe seiner Männer, die Juwelen von jedermann zu stehlen, der sie besitzt. Doch bei seiner Begegnung mit Rikimaru zeigt er Interesse an seiner Kraft und versucht, ihn zur Mitarbeit zu überreden. Rikimaru lehnt ab, und er und Ayame stellen sich jedem von ihnen. Einer von Tenrais Männern ist Onikage, der ihm nur dient, um seinen Plan zu verfolgen, Mei-Oh (seinen früheren Meister) und Tatsumaru (den ehemaligen Anführer des Azuma Ninja Clans, den Tenrai wiederbelebt hat) wiederzubeleben. Rikimaru und Ayame folgen Tenrai in seine Festung, um ihn aufzuhalten, bevor er die Welt mit der Macht aus zwei der Juwelen zerstört. Wenn er besiegt werden kann, wird im Land von Gohda wieder Frieden einkehren.