Shadow Hearts Covenant

Das Spiel beginnt damit, dass Karin Koenig, eine Leutnant der deutschen Armee im Ersten Weltkrieg, mit einem vatikanischen Inquisitor, Nicolas "Nicolai" Conrad, in die Stadt Domremy reist, um dort einen Dämon zu exorzieren. Bei ihrer Ankunft wird der Dämon als Yuri aus dem vorherigen Spiel entlarvt. Nicolai verflucht Yuri; dies schwächt Yuri erheblich, enthüllt aber auch Nicolas als Mitglied von Sapientes Gladio, einer Fraktion dunkler Zauberer, die die Weltherrschaft anstrebt. Yuri flieht mit Karin, und sie bilden eine kleine Gruppe von Verbündeten, um Nicolais Plan zu vereiteln. Nicolai, ein Bastardsohn von Tsar Nikolaus II., hofft, Russland mit Hilfe von Rasputin, dem aktuellen Anführer von Sapientes Gladio, zu übernehmen. Yuri gelingt es, mit Hilfe eines ehemaligen Zauberers von Sapientes Gladio, Jovis, seine Kraft wiederzuerlangen, obwohl sein Gedächtnis noch immer durch Nicolais Fluch beeinträchtigt ist. Die Gruppe findet und besiegt anschließend Rasputin und Nicolai. Bevor Niclai endgültig ausgeschaltet werden kann, wird er jedoch von Kato, einem japanischen Gesandten und alten Freund von Yuri, gerettet und nach Japan gebracht. In Japan verfolgt die Gruppe Nicolai zu einem Forschungslabor, wo er von einem Dämon besessen ist. Nachdem sie erfahren haben, wo er sich befindet, verfolgen sie ihn, doch vorher wird Katos Ehefrau getötet. In Verzweiflung versucht Kato, die Welt mit seiner eigenen Zauberei neu zu erschaffen, was Yuri und seine Gruppe dazu zwingt, ihn zu stoppen. Das Spiel bietet zwei mögliche Enden. Im "schlechten" Ende werden Yuri's Persönlichkeit und Erinnerungen durch Nicolais Fluch gelöscht, und er verbringt den Rest seines Lebens in der Obhut von Roger Bacon, seinem alten Freund. Im "guten" Ende entscheidet sich Yuri zu sterben, um seine Erinnerungen und Persönlichkeit vor dem Fluch zu bewahren. Er findet sich an den Anfang des vorherigen Spiels zurück. In beiden Enden reist Karin zurück ins Jahr 1887, wo sie als Anne entlarvt wird, Yurys Mutter.