Puyo Puyo Tsuu Perfect Set

Im Gegensatz zum linearen Szenario-Modus des ersten Spiels ist Tsus Hauptmodus ein Turm, in dem Arle Nadja Gegner per Roulette auswählt, um sie zu bekämpfen. Jeder "Boden" des Turms hat eine EXP-Summe, die der Spieler erreichen muss, um weiter vorzurücken. Schlägt der Spieler alle Gegner eines Bodens, ohne das Ziel zu erreichen, erscheint ein letzter Gegner. Nach dem Besiegen dieses zusätzlichen Gegners, falls das Ziel weiterhin verfehlt wird, wird Arle aus dem Turm geworfen und das Spiel endet.