Half-Life

Blue Shift beginnt ähnlich wie Half-Life, als Barney Calhoun mit einem Zug durch die Black Mesa-Anlage fährt, um seinen Arbeitsplatz zu erreichen. Nach Dienstantritt wird Calhoun angewiesen, bei Wartungsarbeiten an einem defekten Aufzug zu helfen. Während Calhoun die Reparaturen abschließt, findet Freeman's Experiment statt und löst eine "Resonanzkaskade" aus, die massive Zerstörungen in der Einrichtung verursacht und außerirdische Kreaturen in die Basis teleportiert. Der Aufzug ist schwer beschädigt und fällt aus, was Calhoun in die Tiefen von Black Mesa stürzt. Calhoun verliert das Bewusstsein am Boden des Schachts und beginnt, sich nach oben zu kämpfen, um zu entkommen. Er taucht in der Nähe der Klassifizierungsanlagen von Black Mesa auf und erfährt, dass Dr. Rosenberg und seine Kollegen planen, die Anlage mithilfe von Teleportationstechnologie zu verlassen. Nachdem Calhoun Rosenberg aus der Gefangenschaft der US-Marines befreit hat, die die Anlage zum Schweigen bringen sollten, bringt er ihn zu einem außer Dienst gestellten Prototyp-Teleportationslabor, wo bereits mehrere Black Mesa-Mitarbeiter versammelt sind. Rosenberg teleportiert Calhoun anschließend zum Xen-Grenzplaneten, um die Forschungsausrüstung zu kalibrieren, die notwendig ist, um ein Teleportationsziel außerhalb von Black Mesa zu bestimmen. Bei seiner Rückkehr teilt Rosenberg Calhoun mit, dass die Energiequelle des Telporters erschöpft ist und der Kontakt zu einem Team verloren ging, das eine neue Energiezelle beschaffen sollte. Calhoun macht sich auf den Weg zu den Kraftwerken auf einer unteren Ebene, um eine frische Energiezelle zu finden, während zwischen den Marines und den Xen-Kräften heftige Kämpfe ausbrechen. Nach seiner Rückkehr mit einer neuen Energiezelle unterstützt Calhoun Rosenberg bei der Evakuierung der letzten Überlebenden durch den Teleporter. Calhoun ist der letzte, der das Portal betritt; währenddessen brechen Marines ins Labor ein und schießen auf ihn, was zur Explosion des Telporters führt. Durch die Zerstörung des Teleporters gerät Calhoun in einen "harmonischen Rückfluss", der ihn schnell an verschiedene Orte in Xen und Black Mesa teleportiert. An einem Ort sieht er, wie Freeman von Marines gefangen genommen wird, mitten im Verlauf von Half-Life, bevor er schließlich bei dem geplanten Teleportationsort am Rande von Black Mesa mit Rosenberg stabilisiert wird, wo sie anschließend die Anlage in einem Firmen-SUV verlassen.