Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus

Das Spiel beginnt mit einem Kampf gegen die Foot Clan und Hun im Wolkenkratzer von Oroku Saki. Die Foot wird besiegt, und Meister Splinter verschwindet auf mysteriöse Weise. Die Turtles verfolgen die Spur zu einem Gebäude mit der Aufschrift "T.C.R.I.", das einen bizarren Geheimnis unter seiner harmlosen Fassade verbirgt: Seine Mitarbeiter sind Mitglieder einer affenähnlichen außerirdischen Rasse, den Utroms. Während sie gegen diese seltsamen neuen Feinde kämpfen, werden die Turtles versehentlich zu verschiedenen Punkten in der Galaxie teleportiert, treffen den Fugitoid Professor Honeycutt auf D'Hoonib, und geraten in den Krieg zwischen Triceratons und Federation – beide Seiten sind hinter dem Fugitoid wegen seiner Technologie her. Unterwegs begegnen sie einem intergalaktischen Kopfgeldjäger namens Slashuur. Er gilt als der mächtigste Kopfgeldjäger im Universum, und Honeycutt hat Legenden über ihn gehört, seit er ein Kind war. Ironischerweise ist Honeycutt genau das Ziel von Slashuur, der von den Triceratons beauftragt wurde, ihn zu fangen. Nachdem die Turtles ihn besiegt haben, offenbart Slashuur, dass er Kenntnisse über Hamato Yoshi besitzt, bevor er sich verabschiedet. Bevor sie den Heimatplaneten der Triceratons verlassen, freunden sich die Turtles mit einem edlen Triceratoton-Krieger namens Traximus an und befreien ihn, der gezwungen war, als Gladiator zu kämpfen. Zurück auf der Erde im T.C.R.I.-Gebäude wird enthüllt, dass die Utroms einen verletzten Splinter gerettet und gepflegt haben. Sie platzieren die TMNT und Splinter in eine Virtual-Reality-Maschine, um ihnen ihre Herkunft besser zu erklären. Vor Jahrhunderten reisten die Utroms durch die Galaxie und transportierten einen mörderischen Außenseiter ihrer Art, Ch'rell. Ihr Schiff stürzt auf der Erde im Land Japan ab. Ch'rell entkommt, während die Utroms gezwungen sind, auf die technologischen Fortschritte der Erde zu warten, damit sie nach Hause zurückkehren können. Nach einiger Zeit, nachdem die Utroms die Hilfe einiger Menschen als Guardian Ninja angeworben haben, werden sie in einen Hinterhalt von einem schwer gepanzerten Warlord namens The Shredder gelockt. Währenddessen sabotiert Baxter Stockman die Virtual-Reality-Maschine, wodurch die Gefahren darin den Turtles und Splinter real erscheinen. Nach dem Besiegen von Shredder und seinen Feudalen Foot Ninjas treffen die Turtles auf den Utrom Mortu, der ihnen ein Gerät gibt, mit dem sie in die reale Welt zurückkehren können. Leider finden sie bei ihrer Ankunft Shredder und die Foot, die das T.C.R.I.-Gebäude angreifen. Während des Kampfes wird eine organische Zerstörungswaffe platziert, und die Utroms fliehen durch ihre Transmat. Die Turtles besiegen Shredder, bevor er sie verfolgen kann, und es wird enthüllt, dass dieser Shredder derselbe ist wie der, den sie in Feudal-Japan gesehen haben, und dass er auch der böse Utrom Ch'rell ist! Die Turtles entkommen dem Gebäude, bevor die Bombe explodiert, doch Ch'rell hat kein Glück. Später begegnen die Turtles einem riesigen anthropomorphen Alligator namens Leatherhead in den Kanälen. Nach einem Konflikt erkennt Leatherhead, dass er auf der Seite der Turtles steht. Er erzählt seine Herkunft: Er war einst ein Baby-Gator, das von einem Utrom gefunden und adoptiert wurde. Leatherhead kam durch Kontakt mit Retromutagen-Quecksilber in Berührung und wurde so, wie er jetzt ist – genau wie die Turtles. Er lebte bei den Utroms und betrachtete sie als seine Familie. Als das T.C.R.I.-Gebäude explodierte, floh er in die Kanalisation und zog in das alte Versteck der Turtles ein, um einen eigenen Transmat zu bauen, um den Utroms zu folgen. Leider zeigt sich, dass sein Partner bei diesem Vorhaben niemand anderes als Baxter Stockman ist, der sich als Verbündeter der Utroms ausgibt. Baxter, der merkt, dass sein Plan scheitert, wirft eine Chemikalienkanone und flieht, woraufhin die Decke von Leatherheads Versteck einstürzt. Leatherhead bittet seine neuen Freunde, zu fliehen, während er die einstürzende Trümmermauer aufhält. Die Turtles entkommen gerade noch rechtzeitig, als die Decke vollständig auf Leatherhead einstürzt.