GoldenEye: Rogue Agent [Player's Choice]

Zu Beginn des Spiels enthüllt eine Aufnahme von M (Leiter des MI6), dass: „Vor drei Jahren, während eines Einsatzes, wurde der Agent bei einer Begegnung mit Dr. No schwer verletzt und verlor anschließend die Nutzung seines rechten Auges. Voller Rache beginnt er, immer wieder Gewalt und Brutalität einzusetzen, und ist nicht mehr einsatzfähig für den MI6.“ Laut Bericht schoss Dr. No dem Agenten während einer Mission ins rechte Auge. Drei Jahre nach dem Vorfall, bei dem das rechte Auge des Agenten verletzt wurde, wird er durch eine holographische Simulation bewertet, in der er zusammen mit 007 den Versuch unternimmt, Auric Goldfinger, ein Mitglied einer kriminellen Organisation, daran zu hindern, eine Atombombe in einer Aktentasche im Fort Knox zu sprengen. Er besteht den Test nicht und wird direkt für den "Tod" von 007 verantwortlich gemacht. Wegen "rücksichtsloser Brutalität" wird er vom MI6 entlassen. Als er die Zentrale verlässt, sieht man ihn ein Angebot von Goldfinger lesen, mit dem dieser ihn rekrutieren will. Der Agent akzeptiert Goldfingers Angebot und wird zu seinem Vollstrecker, trifft ihn bei Auric Enterprises, wo Goldfingers Wissenschaftler eine Waffe namens OMEN (Organic Mass Energy Neutralizer) entwickelt haben. Diese setzt Energie frei, die organisches Material auf atomarer Ebene zersetzen kann, was zur Disintegration führt. Für seine Aufgabe, Dr. No, einen Kollegen innerhalb der kriminellen Organisation, der Krieg gegen Goldfingers Zweig erklärt hat, auszuschalten, erhält er ein goldfarbenes cybernetisches Auge, das von Francisco Scaramanga, einem weiteren Offiziellen von Goldfingers Organisation, geschaffen wurde (woher er seinen Codename "GoldenEye" erhält). Scaramanga liefert Upgrades für das Auge, beginnend mit einer MRT-Visionsfunktion. In Hong Kong muss GoldenEye ein Scharfschützengewehr besorgen, um Dr. No mit der EM-Hack-Funktion auszuschalten. Im Midas Casino gelangt GoldenEye zum Tresor (der im Mehrspielermodus erreichbar ist), um das OMEN mit dem Magnetpolarisationsschild zu schützen. Beim Hoover Dam muss GoldenEye den Damm zerstören und Xenia Onatopp töten. Außerdem wirft GoldenEye Oddjob nach einem Verrat und Angriff von ihm bei unbekannten Gründen über eine Bahn in einen Abgrund im Hoover Dam. Bei The Octopus lädt GoldenEye die Navigationskoordinaten nach Crab Key (Dr. No’s Basis) mithilfe des kraftfelderzeugenden Pools seines goldenen Auges herunter. Schließlich wird er nach Crab Key geschickt, wo er Dr. No gegenübersteht. Während ihres Duells sabotiert GoldenEye mit seinem mechanischen Auge den Kernreaktor der Insel, was Dr. No elektrokutiert. Nach No’s Tod kontaktiert Goldfinger GoldenEye und erklärt, dass er ihn für zu gefährlich hält, um am Leben zu bleiben, und dass er GoldenEye zuvor kontaktiert und ihm befohlen habe, ein Programm zu aktivieren, das das Verteidigungssystem der Lair deaktiviert. Goldfinger offenbart, dass er die Kontrolle über die Lair übernehmen will, und lässt GoldenEye im drohenden Nuklearunfall zurück. GoldenEye gelingt jedoch die Flucht in Dr. No’s Osprey, bevor der Reaktor überhitzt und die Insel bei einer großen Explosion zerstört wird. GoldenEye kehrt in die Lair zurück, um sich Goldfinger zu stellen. Pussy Galore trifft sich mit GoldenEye und informiert ihn, dass Goldfinger das OMEN benutzt hat, um die meisten Wachen der Lair auszuschalten und die Kontrolle darüber zu übernehmen. Scaramanga versorgt das mechanische Auge mit einem Computervirus, um das OMEN zu überlasten. GoldenEye kämpft sich durch die Lair, implantiert dabei den Computervirus und erreicht schließlich den Bereich, in dem Goldfinger und das OMEN sind. Goldfinger sperrt GoldenEye in eine Kammer, die angeblich bald keinen Sauerstoff mehr haben wird. Der Computervirus aktiviert das OMEN, das in einer Energiewelle explodiert und Goldfinger samt seiner Truppen tötet. GoldenEye und Galore verlassen die Lair mit Galores Hubschrauber, während Scaramanga und Number One (Ernst Stavro Blofeld) später darüber diskutieren, was sie mit GoldenEye tun sollen, und entscheiden, zunächst abzuwarten, was er als Nächstes macht.