SpongeBob's Atlantis SquarePantis [Case Set]

Das Spiel beginnt damit, dass SpongeBob und seine Freunde aus Atlantis fliehen. Währenddessen tobt Plankton mit einem Panzer, den er sich "geliehen" hat, durch Atlantis, bis er auf die Gruppe trifft. SpongeBob und Patrick beginnen sich daran zu erinnern, wie sie in diese Situation geraten sind. Sie haben einen Rückblick, der damit beginnt, dass sie Blasen pusten, bis sie in einer großen Blase gefangen werden, die sie in eine Höhle trägt. Das Duo macht sich auf den Weg durch die Höhle, vermeidet Geisterpiraten und sucht nach Leitern, um tiefer in die Cavernen vorzudringen, wo sie die fehlende Hälfte des Atlantean Amuletts finden (Patrick vermutet, dass es mit SpongeBobs Vorfahren zusammenhängt, wegen des Wortes "antis" darauf). Sie bringen es ins Bikini Bottom Museum, um zu sehen, was es ist, machen Fotos von den Ausstellungen und vertreiben Touristen sowie Sicherheitskräfte, die den Weg versperren. Squidward ist schockiert, dass sie die andere Hälfte des Amuletts gefunden haben. Sandy und Mr. Krabs begleiten die Gruppe beim Rundgang durchs Museum. Squidward fügt die beiden Hälften zusammen, und der Weg nach Atlantis wird sichtbar: Es ist ein fliegender Bus. Der Bus wird durch Gesang angetrieben, und die Gruppe beginnt zu singen, um nach Atlantis zu gelangen. Der Bus stürzt unterwegs ab, weil Patrick einen Fehler macht, was die Gruppe zwingt, den Bus durch Atlantis zu steuern, um die Busteile und Werkzeuge zu finden, die notwendig sind, um den Bus zu reparieren. Nachdem sie den Bus repariert und Atlantis erreicht haben, werden sie vom Lord Royal Highness (oder LRH) begrüßt. LRH zeigt ihnen eine Führung durch den atlantischen Palast, wobei sie Fallen ausweichen müssen, die aus irgendeinem Grund überall in Atlantis platziert wurden. Mr. Krabs beginnt, Schätze zu sammeln, die er mitnehmen möchte, mit Hilfe von Sandy und ihrer Blasenfängerkugel. Squidward posiert für Künstler im Kunstatelier. Unbemerkt von ihnen hat Plankton sich in den Waffenkammern des Atlantis-Busses versteckt. Er plant, die atlantischen Waffen – die fortschrittlichsten aller Zeiten – zu benutzen, um SpongeBob und seine Freunde zu vernichten und die Welt zu übernehmen. Nach dem Ausstieg aus dem Bus schleicht er sich durch Atlantis und macht sich auf den Weg zur Waffenraum. Während er Attraktionen fotografiert (und dabei Touristen sowie atlantische Wachen, die den Weg versperren, ausschaltet), zerstört Patrick versehentlich die älteste lebende Blase und erzählt LRH die Wahrheit, die dieser ihm zeigt: Die echte Blase. Squidward erinnert sie daran, dass die Blase, die Patrick zerstört hat, nur eine Requisite für Touristen war. Patrick platzt sie erneut versehentlich – diesmal endgültig –, was LRH wütend macht. Die Gruppe flieht, wobei sie den atlantischen Streitkräften entkommen und nach Heftklammern suchen muss, um Türen zu öffnen. Später benutzt Sandy Squidward als Waffe, um die Soldaten zu überwältigen. Plankton tobt in seinem Panzer durch die Stadt, wie zu Beginn, und konfrontiert die Gruppe, was den Rückblick beendet. Er feuert seine Waffe ab, ist aber schockiert, als er sieht, dass sie Eiscreme schießt. LRH fängt Plankton und glaubt, er sei ein sprechendes Staubkorn, und zeigt ihn als Ersatz für die kürzlich zerstörte Blase und als das nationale Schatz von Atlantis. Dann befiehlt er einem seiner Soldaten, das Amulett loszuwerden, damit die Unruhestifter nicht zurückkehren können. Der Soldat macht sich auf den Weg durch Atlantis zum Müllcontainer und wirft das Amulett hinein. Die Gruppe kehrt dann mit dem Bus nach Bikini Bottom zurück.