Rockman.EXE Operate Shooting Star

Das Spiel erzählt die gleiche Geschichte wie das Original, mit dem einzigen Unterschied, dass zwei Ereignisse aus der Mega Man Star Force-Serie hinzugefügt wurden: Im Prolog wird Harp Note von ClockMan.EXE entführt (einem NetNavi, der durch das Erstellen von Warp-Loops durch die Zeit reisen kann), der daraufhin ins Mega Man Battle Network-Ära 200 Jahre in der Vergangenheit flieht. Dr. Goodall bereitet ein Warp-Loch vor, damit Mega Man aus der Star Force-Reihe ihm folgen kann, und warnt ihn, dass er nur dann in seine Zeit zurückkehren kann, wenn er ClockMan findet. Nach dem Kampf gegen ElecMan.EXE fängt ClockMan Roll.EXE und MegaMan.EXE sucht im Internet nach ihr, nachdem er gehört hat, dass zu jener Zeit eine merkwürdige blaue Navi in der Gegend unterwegs war. Als er den Star Force Mega Man sieht, glaubt MegaMan.EXE, dass er derjenige ist, der Roll gefangen hat, und kämpft gegen ihn, merkt aber später, dass er unschuldig ist. Die beiden verbünden sich, um gegen ClockMan zu kämpfen. Nach dessen Besiegen kehren Mega Man (SF) und Harp Note in ihre Zeit zurück, und Mega Man (SF) übergibt MegaMan.EXE ein Programm, das es dem Spieler ermöglicht, ihn und seinen Battle Chip zu verwenden. Während des Abspanns wurde eine zusätzliche Szene eingefügt, die zeigt, wie Mega Man (SF) und Harp Note erfolgreich in ihre Zeit zurückkehren, wo sie von ihren Freunden begrüßt werden, obwohl Luna nicht sehr begeistert ist, die beiden zusammen zu sehen.