Cave Story

Der Spielcharakter erwacht in einer Höhle, ohne Erinnerung daran, wie er dorthin gelangt ist. Er findet ein Dorf der Mimigas, die vom Doctor verfolgt werden. Die Diener des Doctors, Misery und Balrog, suchen Sue Sakamoto, ein Mädchen, das in einen Mimiga verwandelt wurde. Da sie sie nicht finden, entführen sie versehentlich einen anderen Mimiga namens Toroko. Der Spieler findet Sue im Egg Corridor, wo sie die Eier eines Sky Dragons entdeckt, die es ihr ermöglichen könnten, die schwebende Insel zu verlassen, wenn sie schlüpfen. Sue versucht, ihren Bruder Kazuma zu retten, wird jedoch von King, dem Anführer des Mimiga-Dorfes, gefangen genommen und für die Entführung von Toroko verantwortlich gemacht. Sue beauftragt den Spieler, Kazuma aus Grasstown zu holen. Nachdem sie ihn befreit haben, treffen sie Professor Booster, der enthüllt, dass der Doctor plant, die roten Blumen auf Mimigas zu nutzen, um eine Armee zu erschaffen, die die Oberflächenwelt erobert. Booster schickt den Spieler in die Sandzone, um die roten Blumen zu zerstören, bevor der Doctor sie findet. Dort trifft der Spieler Curly Brace, einen weiblichen Roboter, der ebenfalls keine Erinnerungen an ihre Vergangenheit hat, und Jenka, eine alte Hexe, die Miserys Mutter und Hüterin der roten Blumen ist. Jenka nennt den Spielcharakter einen "Soldaten von der Oberfläche", einen von vielen, die auf die Insel geschickt wurden, um die Mimigas zu töten. Misery transportiert den Spieler als Strafe für die Eingriffe in die Pläne des Doctors in das Labyrinth tief im Inneren der Insel. Curly Brace wurde ebenfalls in das Labyrinth geworfen und sie kooperieren, um zu entkommen. Balrog hilft ihnen, den Block, der den Ausgang versperrt, zu bewegen, und zeigt dabei seine freundliche Natur. Das Paar findet und besiegt den Core, ein magisches Wesen, dessen Kraft die Insel schweben lässt. Doch der Doctor greift ein, um ihn zu retten, bevor die Insel zusammenbricht. Je nach bestimmten Bedingungen kann der Spieler Curly Brace retten, die ihr Lufttank geopfert hatte, um den Spielcharakter zu retten. Als er ins Mimiga-Dorf zurückkehrt, stellt er fest, dass der Doctor die Mimigas gefangen genommen hat. Im Egg Corridor bietet Kazuma dem Spieler die Wahl, die Insel mit ihm auf einem Sky Dragon zu verlassen, was zu einem alternativen Ende führt, in dem der Doctor die Oberflächenwelt erobert, während Kazuma und der Spieler sich in den Bergen verstecken. Stattdessen kann der Spieler sich entscheiden, den Doctor zu konfrontieren und den Core der Insel zu zerstören, wodurch die Mimigas wieder normal werden. Der Spieler klettert die Außenmauer der Insel hinauf, um die Plantage zu erreichen, wo der Doctor die Mimigas als Sklaven für den Anbau der roten Blumen nutzt. Die Diener des Doctors fangen ihn und sperren ihn in eine Zelle mit Sue. Sie wird weggebracht, bevor der Spieler erwacht, doch ein Brief von ihr verrät, dass der Doctor ein Mitglied der Forschungs expedition war, zu der auch Sues Familie und Professor Booster gehörten, er aber verraten hat, als er die Dämonenkrone fand. Sue schickt den Spieler dazu, ihre Mutter zu suchen, die vielleicht einen Plan hat, den Doctor aufzuhalten. Wenn der Spieler Curly Brace früher gerettet hat, kann er einen Gegenstand finden, um ihre Erinnerungen wiederherzustellen. Sie erinnert sich daran, dass der Name des Spielcharakters Quote ist und dass sie keine Killerroboter waren, die in der Vergangenheit Mimigas abschlachteten. Stattdessen wurden sie gesandt, um die Dämonenkrone zu zerstören, damit ihre Macht nicht in die falschen Hände fällt. Quote findet Sues Mutter, Momorin, die eine Rakete baut, mit der man Zugang zum oberen Ende der Insel erhält, wo der Doctor residiert. Nachdem sie ihr geholfen hat, die Rakete fertigzustellen, stellt sich Quote dem Misery und dem Doctor. Der Doctor hat die Essenz der roten Blumen in einen Kristall gereinigt, was ihm ermöglicht, auch nach Quote zu überleben, wenn er seinen Körper zerstört. Der Geist des Doctors besetzt den Core der Insel, doch Quote schafft es, auch diesen zu zerstören, sodass die Insel beginnt, zur Erde zu fallen. Unter bestimmten Bedingungen kann der Spieler in eine Bonusrunde namens Bloodstained Sanctuary gelangen, in der der Schöpfer der Dämonenkrone, Ballos, gefangen gehalten wird. Ballos, Jenka's Bruder, war ein mächtiger Zauberer, der verrückt wurde, nachdem er gefoltert wurde. Misery zwang Ballos, die Dämonenkrone zu erschaffen, doch sie und Balrog wurden verflucht, demjenigen zu dienen, der sie besaß. Mit Hilfe von Curly Brace besiegt Quote Ballos und stoppt die Quelle der negativen Energie, die den Fall der Insel verursachte, und rettet die Bewohner. Balrog rettet die beiden, bevor sie von Ballos' kollabierendem Gefängnis zerquetscht werden – er wurde von Misery geschickt, um sich für das Brechen ihres Fluches zu revanchieren. Quote, Curly Brace und Balrog verlassen die Insel, um ihre Tage in Frieden zu verbringen.