Bowser Jr.'s Journey

Eine neue Geschichte wurde in Mario & Luigi: Bowser's Inside Story + Bowser's Journey hinzugefügt. Diese neue Ergänzung zur Hauptgeschichte dreht sich um Bowser Jr. als titelgebende Figur. Während Bowser während der Hauptstory beschäftigt ist, begibt sich Bowser Jr. auf ein Abenteuer, um die Blorb selbst zu heilen, nachdem sie dazu geführt hat, dass zahlreiche Minions auf ein unbewegliches Stadium aufgeschwollen sind. Im Unterschied zu seinem Vorgänger (Minion Quest: Die Suche nach Bowser, enthalten in Mario & Luigi: Superstar Saga + Bowser's Minions) muss dieser Teil nicht innerhalb von Bowser's Inside Story aufgerufen werden.