Perfect Dark

Im frühen Jahr 2022 folgt Perfect Dark Agentin Joanna Dark in den letzten Phasen ihrer Ausbildung am Carrington Institute, einem Forschungszentrum, das von Daniel Carrington gegründet wurde. Nach Abschluss ihrer Ausbildung wird Joanna auf eine Mission geschickt, um eine Cyborg-Produktionsanlage im südamerikanischen Dschungel zu zerstören. Die Anlage wird von Mink Hunter betrieben und produziert Hochtechnologie-Waffen für terroristische Operationen. Joanna erfüllt ihre Mission erfolgreich, tötet Hunter und zerstört die gesamte Anlage. Anschließend meldet sie, dass sie bei der Landung im Dschungel ein abgestürztes Flugzeug beobachtet hat und die Koordinaten notiert wurden. Carrington erfährt, dass in der Gegend ein UFO abgestürzt ist und dass dataDyne, die konkurrierende Firma des Carrington Institute, mit den Überresten eines Außerirdischen entkommt. Joanna wird entsandt, um den Absturzort zu untersuchen, doch letztlich wird sie gefangen genommen und auf das Forschungsschiff Pelagic I gebracht, zusammen mit den Überresten des Außerirdischen. Schließlich wird Joanna von einem Außerirdischen gerettet, der ihr sagt, dass sie so viele Informationen wie möglich über die Überreste sammeln muss, um anschließend die Pelagic I zu versenken. Nachdem sie dies erfolgreich tut, teilt Joanna Carrington mit, dass die Überreste einer Alienrasse namens Skedar gehören. Die Situation ändert sich abrupt, als das Carrington Institute von einem Angriffsteam von dataDyne überfallen wird, das alle Beweise gegen sie vernichten will. Joanna verteidigt das Carrington Institute, und ihre Arbeit bringt ihr genügend Anerkennung, um an ihrem nächsten Auftrag teilzunehmen. Das Spiel endet damit, dass das Carrington Institute weitere Untersuchungen gegen dataDyne durchführt.