Sonic Advance 3

Vor den Ereignissen des Spiels baut Dr. Eggman einen robotischen Assistenten namens Gemerl, der aus Teilen des Roboters Emerl zusammengesetzt ist, der in Sonic Battle zerstört wurde. Eggman versucht ein Experiment mit den Chaos Emeralds, um die Chaos Control-Technik durchzuführen, doch es geht schief und zerstört die Welt. Diese Aktion trennt Sonic und Tails von Amy, Knuckles und Cream, die alle von Eggman gefunden und gefangengenommen werden, um jeweils einen Abschnitt seines bevorstehenden Imperiums auf jedem Stück des Planeten zu errichten. Sonic und Tails durchqueren die sieben Level des Spiels, um ihre Freunde zu retten und die Emeralds zurückzuholen. Der finale Bosskampf findet im Altar-Tempel der Emeralds statt. Wenn der Spieler Eggman dort besiegt, ohne alle sieben Chaos Emeralds zu haben, entkommen Eggman und Gemerl und stürzen vom Rand des Tempels. Frieden kehrt in die Welt zurück, und Omochao macht ein Foto von den fünf Helden. Das Spiel warnt jedoch, dass die Emeralds noch gesammelt werden müssen, um das wahre Ende zu erreichen. Wenn der Spieler Eggman im Tempel mit allen Chaos Emeralds besiegt, stoppt Gemerl, Eggman entkommt und fällt vom Tempelrand, während Sonic das Chaos Emerald zu sich nimmt und den Super Sonic-Modus erreicht. Mit Eggmans Hilfe zerstört Super Sonic Gemerl. Später findet Tails Gemerl' zerbrochenen Körper an einem Strand, den er repariert und neu programmiert. Das Spiel endet, als Cream mit dem nun nicht-aggressiven Gemerl bei ihrer Mutter Vanilla spielt.