Puyo Pop Fever

Der Story-Modus des Spiels ist in drei Kapitel unterteilt, die die Abenteuer von Amitie verfolgen, einem temperamentvollen Mädchen, das eine Magierschule besucht. Dort lernt sie von Accord, magische Zauber mit Puyo zu wirken. Im Hauptteil der Geschichte hat Accord ihren Fliegenden Stab verloren, das Äquivalent zu einem Zauberstab, und behauptet, eine Belohnung für den Schüler zu haben, der ihn finden kann. Der Spieler schlüpft in die Rolle von Amitie, während sie durch die Puyo Puyo Fever-Welt reist, um den Stab zu finden, vielen skurrilen Charakteren begegnet und gegen sie kämpft. In einer schwierigeren Version des Story-Modus spielt man als Riva, Rivalin von Amitie. Welchen Story-Modus man wählt, bestimmt, welche Charaktere man trifft und wer schließlich den Stab findet. Wenn man als Riva gegen Ende des Spiels spielt, wird offenbart, dass Accord ihren Fliegenden Stab nie wirklich verloren hat. Sie plant, Accord und Popois Geheimnis zu enthüllen, scheitert aber in ihrem Ende, als sie von Accord bewusstlos geschlagen wird und alle Erinnerungen an den Stab-Vorfall verliert. Sie wird in der Nähe ihrer Schule wieder bewusst, wo Amitie und ihre Freunde ihr gratulieren.