Code 18 [Limited Edition]

Il gioco si apre il 11 settembre 2018. Quando Hayato sta per testare il suo "Dragon Unit" flight pack sul tetto della scuola, una ragazza cade dal cielo, indossando un dispositivo simile. Lui cerca di salvarla, ma muore; dopo questo, viene trasportato indietro nel tempo senza alcun ricordo dell'evento, e riesce a salvarla. Il suo nome risulta essere Arika Tokitou. Ryuusei Academy e il Second Science Club si preparano per un festival scolastico previsto per un mese dopo, quando il professor di scienze di Hayato, Genkuro Kanbara, gli consegna un chip per smartphone composto da una "Agastia Stone", che teoricamente gli permetterebbe di ricevere messaggi vocali dal futuro. Lo installa e riceve messaggi dal futuro, ma non è in grado di capire cosa dicano. A un certo punto, a causa di un incidente con il Dragon Unit, la casa di Hayato esplode, costringendolo a dormire nella sala del club scientifico. Lui e il resto del club decidono che per il festival dovrebbero mettere in scena un'esibizione dal vivo per Hikari. Durante il mese, Hayato e Hikari si avvicinano, e lui si trasferisce a vivere con lei. Lui l’aiuta a superare problemi di autostima e ad avere successo nell'esibizione dal vivo, e loro diventano una coppia. Alla fine del festival, il tempo torna indietro al 11 settembre; lo stesso mese si ripete diverse volte, con Hayato che ne è inconsapevole e senza alcun ricordo dei loop passati. Durante ogni loop, si avvicina molto a una delle protagoniste femminili del gioco, le aiuta con il festival e a risolvere i loro problemi personali. Mentre Arika è inizialmente distante, inizia ad avvicinarsi sempre di più a Hayato man mano che attraversa i loop. Dopo aver attraversato diversi loop, Hayato torna al 11 settembre con i suoi ricordi intatti e si rende conto che Arika è l'unica a sembrare avere una connessione con il looping. La affronta, e mentre lei ammette di avere una connessione, non si fida di lui per aiutarla. Quando Hayato si rende conto che la sua casa sta per esplodere, con Hikari e Arika all'interno, li mette in salvo invece di salvare il Dragon Unit; questo gli guadagna la fiducia di Arika, e lei gli dice che è una viaggiatrice del tempo proveniente dal 2040. Scoprendo che la sua presenza aveva causato un loop temporale, lei voleva tornare al suo tempo, ma non poteva perché la sua macchina del tempo era rotta. Hayato raccoglie pezzi per ripararla, e nuovamente si avvicina a Hikari. Scopre che la vera identità di Arika è Akari Hino, e che lei è la figlia di Hayato e Hikari proveniente dal futuro. Nel futuro, Hayato era diventato un maniaco del lavoro, costruendo una macchina del tempo mentre trascurava Hikari e Akira; arrabbiata, Akira aveva rubato la macchina del tempo e viaggiato nel 2018. Poiché la macchina del tempo funziona solo in un ambiente a gravità zero, la combinano con il Dragon Unit e la portano verso la Sky Tower alta 1.200 piedi; il loro percorso è ostacolato da un terremoto, ma riescono a raggiungerla con l'aiuto di Hikari, Tamaki, Yuzu, Nanari e il professor Kanbara. Si scopre che il mittente dei messaggi vocali dal futuro è il Hayato del 2040; poiché le versioni future di Hayato e Hikari avevano visto Akari nel 2018, sapevano di dover ricreare gli eventi per evitare un paradosso temporale che avrebbe fatto cessare l'esistenza di Akari. Per questo, Hayato aveva trascorso tutto il suo tempo a creare una macchina del tempo entro il 2040, mentre si comportava freddo con Akari apposta per darle l'incentivo di viaggiare nel tempo. Il Hayato del 2040 inviò poi messaggi vocali al proprio io del 2018 per offrire consigli e causare un paradosso ontologico, assicurando la permanente esistenza di Akari. Akari torna nel 2040, rompendo il loop, e fa pace con i suoi genitori.