Secret of Evangelion

Un gioco di ruolo/avventura che ripercorre la fine della storyline di Evangelion, introducendo i nuovi personaggi Kenzaki Kyouya, investigatore di NERV, e Kaga Hitomi, ricercatrice specializzata in dummy-plug. Nel gioco, interpreti un nuovo personaggio, l'agente di NERV Kyouya Kenzaki, vecchio amico universitario di Kaji. Nel corso della storia, dovrai scoprire i misteri che circondano la trama di Evangelion, così come enigmi che riguardano te stesso. Sono presenti molteplici percorsi, che sembrano dipendere dalle informazioni che riuscirai a scoprire. I titoli di coda, che scorrono come in Evangelion Death, presentano uno sfondo di LCL Sea da End of Evangelion, accompagnato da Soul's Refrain (Versione 10° Anniversario) da Evangelion: Decade.