The Wolves, un'unità militare statunitense letale formata da ex Ghosts diventati fuorilegge, hanno preso il controllo dell'isola. Guidati dall'ex compagno d'armi di Nomad, Lt. Colonel Cole D. Walker, interpretato da Jon Bernthal, hanno ri-programmato i droni di Skell in macchine da uccidere e sono pronti a usarli, a qualunque costo, indipendentemente dalle perdite. Nomad e i Ghosts vengono inviati per una missione di ricognizione, ma i loro elicotteri vengono abbattuti. Feriti, senza supporto e inseguiti, i giocatori vivranno un'esperienza militare intensa mentre lottano per sopravvivere, abbattere The Wolves e riconquistare il controllo di Auroa.