Nel 2016, ctOS 2.0, un avanzato sistema operativo che collega l'infrastruttura di rete della città, è stato implementato in diverse città degli Stati Uniti per creare metropoli più sicure ed efficienti. Gioca nei panni di Marcus Holloway, un brillante giovane hacker che vive nel luogo di nascita della rivoluzione tecnologica, nella San Francisco Bay Area. Unisciti a DedSec, un gruppo di hacker famigerato, e rivela i pericoli nascosti di ctOS 2.0, che, nelle mani di corporazioni corrotte, viene usato ingiustamente per monitorare e manipolare i cittadini su larga scala. Con il potere dell'hacking e DedSec al tuo fianco, lancia il Hack of the Century, smonta ctOS 2.0 e restituisci la libertà al popolo.