La storia inizia con Master Eon che presenta al giocatore il mondo di Skylands e i suoi protettori, gli Skylanders. Il veterano Portal Master rivela poi il retroscena di un gruppo speciale di Skylanders, noto come SWAP Force, che proteggeva le Isole Cloudbreak e il loro vulcano magico che rigenera la magia in tutto Skylands ogni cento anni. Durante una battaglia epica contro uno sciame di Fire Vipers evocato da una figura oscura, la SWAP Force fu trascinata dall'eruzione del vulcano magico, che conferì loro la capacità di scambiare metà, ma nel processo li bandì sulla Terra. Nel presente, Flynn è in vacanza alle Isole Cloudbreak per assistere alla prossima centesima eruzione. Viene incontrato da Tessa, una ragazza volpe che cavalca un grande uccello di nome Whiskers, e trascinato in un'altra avventura quando Kaos ordinò a un gruppo di Greebles di attaccare il villaggio di Tessa prima della celebrazione del vulcano.