Migliaia di anni prima dell'ambientazione del primo gioco, Shinnok, uno degli Dei Anziani che controllano i sei regni nell'universo di Mortal Kombat, tentò di diventare il conquistatore di tutti. Il dio del tuono Raiden combatté e sconfisse Shinnok in una guerra che durò centinaia di anni, mandandolo nel Netherrealm, dove sarebbe rimasto intrappolato per sempre. Ora, Shinnok è riuscito a fuggire dal Netherealm con l'aiuto del mago Quan Chi e cerca vendetta contro gli Dei Anziani che l'hanno bandito. Nel suo piano, conquista prima il regno di Edenia, con l'aiuto di una traditrice, Tanya, mentre si prepara ad attaccare gli Dei Anziani. Per fermare la minaccia di Shinnok, Raiden chiede aiuto ai guerrieri dell'Earthrealm che nei titoli precedenti hanno salvato i regni dall'imperatore Shao Kahn.