Il gioco è ambientato nel lontano futuro, in cui l'umanità ha recentemente sviluppato una tecnologia che permette di viaggiare rapidamente verso altri pianeti. Un giorno, la Terra riceve un segnale di soccorso telepatico dalla Principessa Irene La Tias (nota anche come Elaine La Tias), il cui pianeta natale E-Square è stato preso dal signore Klaus Pachelbel e dal suo esercito bio-meccanico. Gli esseri umani scoprono presto anche la misteriosa forma di vita aliena chiamata «Flint» e poco tempo dopo assemblano un nuovo caccia spaziale, il Flintlock TMF01, in grado di portare con sé Flint. Il Flintlock e Flint vengono poi inviati per salvare Irene e il suo pianeta.