Il gioco inizia con Jak e Daxter esiliati nel Wasteland dal tirannico Conte Veger per presunti crimini contro Haven City. Ashelin, che si oppone all'esilio, dà a Jak un faro prima di partire e gli dice di "rimani vivo". Mentre attraversano il deserto, i flashback rivelano che Haven City è in guerra tra la Freedom League e i Metal Heads sopravvissuti e i loro alleati, i KG Death Bots. The Palace viene poi distrutto da una forza sconosciuta. Mentre Jak, Daxter e Pecker perdono conoscenza, vengono salvati da un gruppo di abitanti del deserto, che li riportano a Spargus City.
Risvegliandosi a Spargus, il Re, Damas, dice che Jak deve guadagnarsi il posto nella civiltà dimostrando se stesso come guerriero sia nelle sfide dell'Arena sia servendo la città, a cui la sua "vita ora appartiene" per essere stato salvato. Le sue missioni prevedono il recupero di artefatti dopo tempeste di sabbia, gare sia in buggy sia sulle lucertole Leaper per upgrade, cristalli Eco e buggy, la cattura di ratti Kanga su una lucertola Leaper, e altri vari lavoretti nell'oasi città. La cosa più importante di questi eventi è che a Jak vengono attribuite abilità Eco di Luce per bilanciare l'oscurità interiore, concessegli al tempio Precursor da un oracolo che crede che Jak sia l'ultima speranza per la civiltà. Queste potenze includono capacità di rallentare il tempo, poteri di guarigione, capacità di scudo e persino volo. Lungo il percorso, Jak stringe amicizia con il Monaco Precursore Seem e con un proprietario di officina di buggy, Kliever – che inizialmente non lo sopporta finché non conquista la loro fiducia nel tempo. Durante una delle missioni di Damas nel deserto, Jak viene trovato da Ashelin, la quale rivela di aver saputo che Damas lo avrebbe trovato poiché sapeva che avrebbe controllato i suoi vecchi fari di segnalazione. Lei si rifiuta di dirgli come lo sa e poi implora Jak di tornare a Haven City per difenderla dai Metal Heads e dai nuovi Krimzon Guard Deathbots. Ancora amareggiato per l'esilio, rifiuta di tornare. Ashelin lo lascia, ma in seguito, dopo aver scoperto cosa ha in serbo per i suoi amici il malvagio Conte Veger, Jak cambia idea e intraprende il viaggio tramite un trasporto verso Haven City. Jak e Daxter aiutano a riunire la resistenza a Haven, che è divisa da barriere erette dai nemici, e danno loro la speranza di sconfiggere i Metal Heads e Deathbots.
