Il Regno dei Funghi è stato un luogo pacifico grazie alle eroiche imprese di Mario e Luigi. Il Regno dei Funghi costituisce un ingresso nel Mushroom World, dove non tutto va bene. Bowser ha mandato i suoi sette figli a fare guai a piacimento nel Mushroom World, normalmente pacifico. Hanno rubato le bacchette magiche reali da ogni paese nel Mushroom World e le hanno usate per trasformare i loro re in animali. Mario e Luigi devono recuperare le bacchette magiche reali dai sette figli di Bowser per riportare i re alle loro vere forme. «Addio e buona fortuna!», disse la Principessa e Toad mentre Mario e Luigi partivano per il loro viaggio nel profondo del Mushroom World.