Questo gioco ha una storia che viene raccontata solo nella versione giapponese. Ecco un estratto, tradotto dal giapponese: AiAi, MeeMee e Baby sono una buona famiglia e vivono pacificamente su Jungle Island. Un giorno, dalle isole distanti, GonGon, leader dei Gorillas, portò un raid sull'isola. Hanno intenzione di accaparrarsi tutte le banane per sé! AiAi è scappato dal luogo, si è stancato e si è addormentato. Nei suoi sogni, gli fu detto che esiste un paradiso chiamato "Banana Island" nel cielo dallo "Grand Monkey". Ma per andarci, devi superare un paio di trabocchetti ed espedienti. Ma il Grand Monkey insegnò ad AiAi un incantesimo magico: "Ei Ei Poo!" Che lo protegge da qualsiasi pericolo. AiAi si sveglia rapidamente, e mentre dice "Ei Ei Poo!", una grande palla vola dal cielo; AiAi vi entra dentro e vola alto nel cielo. Ora, supera diverse trappole e espedienti, e punta a Banana Island! Quando il giocatore completa i Master Stages (in cui l'ambientazione è sopra Banana Island), se si gioca come AiAi, MeeMee o Baby, sarà in grado di andare a Banana Island e gustare tutte le banane che Banana Island offre. Tuttavia, se si gioca nei panni di GonGon, sarà escluso dal luogo in cui sono conservate le banane, mentre le altre scimmie si godono le banane all'interno.