Mystical Ninja Starring Goemon

La storia segue le lotte di Goemon per impedire alla banda dei Peach Mountain Shoguns di trasformare il Giappone in un teatro d'arte occidentale. La trama prevede tre caratteristiche musicali cinematografiche e battaglie tra robot giganti; come altri giochi di Ganbare Goemon, è punteggiata da umorismo surrealista e anacronismi. Il protagonista di Mystical Ninja è Goemon, un ninja impetuoso che brandisce un kiseru e ha capelli blu e folti, ispirato liberamente al leggendario ladro Ishikawa Goemon. Il signore di Oedo gli chiede di trovare coloro che hanno mutilato il Castello di Oedo. Goemon vive nella città di Oedo ed è amico di Ebisumaru, un strano e goloso uomo grasso che indossa una bandana blu. Ebisumaru è definito pigro e pervertito. Il loro amico che lancia kunai, Sasuke, è un ninja meccanico (creato dal Saggio di Iga) che ama i bagni caldi e il tè giapponese. A completare gli eroi c'è Yae, una feroce kunoichi che brandisce una spada, che incontra il gruppo di Goemon nella città di Zazen. I villain del gioco provengono dall'organizzazione Peach Mountain Shoguns e includono una banda di quattro "strani" guidati da Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) e Kitty Lily (Margaret Ranko). Intendono trasformare il Giappone in un palcoscenico per i loro talenti.